十七世纪初，关原之战硝烟弥漫，渴望出人头地的作州人新免武藏（木村拓哉 饰）所在军队惨败。为将好友本位田又八的消息带回故乡，他冒着被当作残党的危险潜回，却遭武功高强的僧人泽庵（香川照之 饰）擒获。垂死之际，又八的未婚妻阿通（真木阳子 饰）冒险相救，武藏带着这名可怜女子踏上逃亡之路。逃亡途中，武藏与阿通相依为命，内心却充满迷茫与挣扎。泽庵和尚穷追不舍，最终将他困于树上，以佛法点化其暴戾之心。武藏被囚禁三年，在泽庵的引导下研读经典，磨炼心性，逐渐褪去莽撞，领悟“剑即心”的武学真谛。重获自由后，武藏化名宫本武藏，挑战各地剑豪，经历无数生死对决。他先后与吉冈清十郎、宝藏院胤舜等高手交锋，在血与火的洗礼中不断突破自我。与此同时，与阿通的情感纠葛、与又八的恩怨交织，让他深陷情义两难的境地。最终，武藏与宿敌佐佐木小次郎在严流岛展开惊天决战。海天之间，他以自创的二天一流剑法终结对手，成为日本剑道史上不朽的传奇。全剧以恢弘的历史画卷，展现一代剑豪从迷茫少年到武道宗师的心路历程。