星历4088年，人类因一场突如其来的星系间危机，失去了大部分可居住的行星，文明濒临崩溃。残存者聚集于最后的殖民星球“ZION”，将全部希望寄托于此。然而，ZION却不断遭到神秘外星生物“威克提姆”的侵袭，它们以吞噬生命与能源为生，令人类陷入绝境。为对抗威克提姆，人类开发出巨型人型兵器“女神”，并培养了一批拥有特殊精神感应能力的少年少女作为其驾驶员。这些被称为“候补生”的年轻人，必须通过严苛的训练与实战，唤醒与“女神”的同步率，才能发挥出足以扭转战局的战斗力。故事围绕候补生之一的少年展开，他虽资质平平，却因一次意外与最强的“女神”产生共鸣，成为扭转战局的关键。在与同伴并肩作战的过程中，他逐渐揭开威克提姆的真实面目，以及人类历史中被刻意隐瞒的真相。这场关乎存亡的战争，不仅考验着他们的勇气与信念，也揭示了生命、牺牲与希望的真正意义。