在纽约的下水道深处，忍者神龟们正享受着难得的平静，直到光之精灵Crys-Mu突然现身，授予他们神奇的变异石。只要持有这颗石头，神龟们便能在三分钟内化身为超级神龟，力量、速度与防御力得到数倍提升，足以应对任何强敌。然而，邪恶的施莱德及其手下Bebop和Rocksteady也在暗中行动，他们意外发现了黑暗变异石。黑暗力量瞬间将他们扭曲为恶魔施莱德、超变异体Bebop和超变异体Rocksteady，实力同样暴涨，且毫无人性可言。两股力量在纽约街头正面碰撞，超级神龟们虽然占尽先机，但变异石的效力只有短短三分钟，一旦失效便会陷入危险。施莱德企图利用黑暗变异石的力量彻底摧毁城市，而神龟们必须在时间耗尽前找到击败对手的方法。在这场关乎城市存亡的激战中，神龟们不仅要依靠变异石的力量，更要在战斗中领悟团队协作与责任的真谛。最终，他们意识到真正的力量并非来自石头，而是源自内心的勇气与羁绊，一场惊天动地的终极对决就此展开。