工藤新一，帝丹高中二年级的著名高中生侦探，某夜收到一封匿名挑战书，对方宣称将在修学旅行的船上绑架他的同学，若新一无法保护同伴，就必须让出“高中生名侦探”的称号。这封挑衅信让原本对修学旅行毫无兴趣的新一改变了主意，次日清晨，他匆匆赶到学校，与毛利兰和铃木园子汇合。登船后，新一表面平静，内心却时刻警惕着潜在的威胁。船上同学欢声笑语，而暗处似乎有一双眼睛正盯着他的一举一动。随着航程推进，挑战书中的预言逐渐应验，一名同学真的神秘失踪，现场留下诡异线索。新一迅速展开调查，却发现案件远比想象中复杂，背后牵扯出一段尘封的往事与个人恩怨。在有限的时间内，新一必须依靠敏锐的观察力和缜密的推理，从蛛丝马迹中找出真凶，解开绑架谜局。与此同时，他与小兰之间的默契与情感也在危机中悄然升温。这场挑战不仅考验新一的侦探才能，更让他直面自身信念与责任的抉择。真相逐渐浮出水面，而最终的结局，将成为他人生中一段难以忘怀的序章。