托马斯、米诺等人从致命的迷宫脱身后，被一支武装部队带到北纬某处的秘密庇护所。这里自称是抵抗“闪焰”病毒的最后堡垒，由神秘领袖詹森掌控，他表面温文尔雅，实则隐藏着冷酷的阴谋。托马斯逐渐发现，庇护所并非避风港，而是一场更大实验的舞台——詹森试图通过控制免疫者来获取病毒解药，不惜牺牲所有少年。面对谎言与背叛，托马斯决定带领伙伴们逃离。他们遭遇了被病毒侵蚀的“狂客”袭击，也结识了来自另一座迷宫的幸存者。在生死逃亡中，团队内部出现分歧，但托马斯坚持寻找真相。最终，他们发现庇护所与WCKD组织暗中勾结，而詹森的真实身份更是令人震惊。影片延续了前作的紧张节奏，动作场面升级，情感冲突深刻。托马斯必须在信任与怀疑间做出抉择，而每一次选择都关乎人类的未来。废墟中的奔跑、爆炸与牺牲，构成了一幅绝望中求生的壮烈画卷。