摄影师工藤太郎在一次飞行途中，意外发现四个月前失踪的无人木星探测器“赫利俄斯7号”坠入南海深处。回国后，他受邀加入开发公司的调查队，前往探测器坠落点附近的塞吉欧岛进行实地勘察。岛上风光旖旎，但暗藏危机，随着调查深入，工藤发现探测器残骸释放的神秘能量正悄然催化岛上的生物异变。不久，三只史前巨兽接连现身——拥有雷电之力的飞龙杰索拉、善于伪装的甲壳怪兽加尼美，以及凶悍的龟型怪兽卡美巴。三兽因领地与能量争夺爆发激烈混战，岛上的设施与村庄瞬间化为废墟。工藤与随行科学家紧急分析，发现怪兽的狂暴行为与赫利俄斯7号的辐射污染直接相关，若放任不管，变异将蔓延至全球。面对失控的怪兽，工藤与调查队不得不联合当地居民，利用探测器残骸中尚存的反物质装置，设计出能中和辐射的应急武器。在生死攸关的决战中，他们不仅要应对怪兽的疯狂攻击，还要与时间赛跑，阻止生态灾难全面爆发。最终，工藤凭借摄影师的敏锐观察力，发现了怪兽间的弱点关联，引导众人成功化解危机，让南海重归平静。