《星球大战前传2：克隆人的进攻》设定在纳布战役十年后，银河共和国正面临分裂危机。前绝地大师杜库伯爵暗中纠集数千星系，组建分离势力，并秘密打造庞大的机器人军队，意图以武力推翻共和国。参议员帕德梅·阿米达拉在前往议会投票支持组建共和军时遭遇刺杀，绝地委员会指派阿纳金·天行者负责保护她。两人在纳布星球隐居期间，昔日情愫迅速升温，并秘密成婚。与此同时，欧比旺·肯诺比追踪刺客线索，发现卡米诺星球上正为共和国秘密克隆一支大军，而克隆模板正是赏金猎人詹戈·费特。阿纳金因母亲梦境而返回塔图因，却发现母亲已被沙人掳走并重伤身亡。悲愤之下，他屠戮整个沙人营地，内心开始向黑暗倾斜。随后，阿纳金与帕德梅前往吉奥诺西斯营救被俘的欧比旺，却一同落入杜库伯爵之手。危急关头，尤达大师率克隆人军团与绝地武士赶来救援，爆发吉奥诺西斯战役。战斗中，杜库伯爵击败欧比旺与阿纳金，但最终不敌尤达大师而遁走。克隆人战争正式爆发，共和国与分离势力全面开战，而阿纳金与帕德梅的秘密婚姻也埋下未来悲剧的种子。